大片段测序（BAC)
BAC克隆等大片段DNA测序已在国内外全基因组测序和功能基因筛选中得到广泛应用，但因为涉及高质量的shotgun文库构建和大规模、高通量测序平台的建立，目前国内除参加过人类基因组计划的研究机构外，还鲜
甲基化实验
DNA甲基化是最早发现的DNA修饰途径之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序
ATAC-seq可以检测染色质开放区域，其原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质区域的特性，对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序和富集分析。
全转录组测序
真核生物转录组测序的研究对象为特定组织或细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括 mRNA、LncRNA和环状RNA 。